罕见疾病给研究人员带来了一些独特的障碍，导致药物开发成本居高不下。幸运的是，生物标记物使用方面的创新有可能大大降低这些成本，同时提高数据质量。
不过，在将生物标志物用于这项研究之前，必须对其相关的收集、测量和评估方法进行验证。生物标志物方法验证的关键阶段包括
1.预验证
验证工作从方法可行性研究开始，研究化验方法实现预期目的的可能性有多大。这通常包括对检测方法工作范围的早期客观评估，即在预定浓度范围内测量相关生物标记物的能力。
可行性研究还应解决化验的问题：
- 特异性- 将分析物与结构相似的物质区分开来的能力。
- 选择性 - 与分析无关的物质对分析产生干扰的程度。
- 准确性 - 相关药物的存在，尤其是直接与药物靶点相互作用时。
2.探索性方法验证
在这一阶段，化验方法将根据其基本分析方法进行定量表征。
至少进行三次评估运行，以确定
- 准确性 --确定临床诊断环境中的暴露-反应关系。
- 精确度--研究中生物标记物结果的统计意义。
- 灵敏度 - 在准确度和精确度均可接受的情况下可测量的最低分析物浓度。灵敏度水平必须符合临床实验室的法规要求。
- 相对选择性 - 与结合底物有关，包括调查可能的干扰源。
- 初始生物标记物浓度范围- 正常对照组和目标研究人群的结果。
- 化验动态范围 - 在可接受的准确度、精确度和总误差水平下，可测量分析物的下限和上限。
- 生物标记物的稳定性 - 短期和长期，以及在与研究相同的条件下。这些条件包括收集、运输和温度。
3.高级方法验证
在这一阶段，将对探索阶段使用的相同性能特征进行评估。生物标记物方法验证是一个迭代过程，其严谨性不断提高，采用的是规模化、适合目的的方法。随着获得更多有关安全性、有效性、药效学、区分度和替代信息的数据，这一过程也会不断进步。
4.研究中验证
一旦方法经过评估并被用于样品测试，它们就会成为理想的数据来源，反映出实际化验使用中的准确度和精密度表现。研究中验证阶段可确保化验结果持续符合预定的预期。定期的研究中验证通常包括使用含有已知浓度分析物的质量控制样本，以确认准确度和精密度。
当生物标记物方法能够根据受试者之间和受试者内部的差异区分出具有统计学意义的变化时，这种方法就达到了目的。在将生物标记纳入药物开发研究设计时，这些品质至关重要，既能保持严格的科学标准，又能确保迅速获得监管部门的批准。